Для подсчёта занятого места в каталогах Linux можно перейти в требуемый каталог, указав полный путь к нему от корня (или указав сам корень /, если нужен подсчёт на всем диске):
cd ПУТЬ_К_КАТАЛОГУ
И выполнить следующую команду (для подсчёта служебных каталогов и каталогов других пользователей — выполнять от root):
du -s $(ls | grep -v "proc" | grep -v "run") | sort -nr | cut -f 2- | while read a;do du -hs "$a";done
Для больших, разветвлённых каталогов команда может выполняться довольно долго. Виртуальные каталоги proc и run из вывода исключаются. Вывод списка каталогов будет отсортирован по размеру (от большего к меньшим).