1) Удаляем первые 100 512-байтовых секторов на жестком диске X.
dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 count=100
2) Удаляем информацию о разделе GPT в конце диска
(с помощью fdisk смотрим число секторов).
fdisk -l /dev/sdX
Disk /dev/sdX: 120 GiB, 128849018880 bytes, 251658240 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Просто вычтите 100 из числа секторов (в примере это 251658240),
чтобы удалить последние 100 512-байтовых секторов.
Этот процесс намного быстрее, чем стирание всего диска.
dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 seek=251658140
P.S.
Если диск размером более 2 ТБ, вероятно, fdisk не сможет рассчитать сектора.
Тогда можно использовать вместо него:
cat /sys/block/sdX/size